Mapplethorpe produjo una obra consistente que se esforzaba por el equilibrio y la perfección, lo que le colocó entre los principales artistas del siglo XX. Aproximadamente un año antes de su muerte, ya enfermo, Mapplethorpe ayudó a fundar la Robert Mapplethorpe Foundation, Inc. Su visión de la Fundación era que sería "el vehículo apropiado para proteger su trabajo, para avanzar en su visión creativa, y para promover las causas que le importaban".
Desde su muerte, la Fundación no sólo ha funcionado como su Patrimonio oficial y ayudado a promover su trabajo en todo el mundo, también ha recaudado y donado millones de dólares para financiar la investigación médica en la lucha contra el sida y la infección por el VIH.
Robert Mapplethorpe falleció en la mañana del 9 de marzo de 1989, en un hospital de Boston, Massachusetts, por complicaciones derivadas del sida, a los 42 años de edad. Sus cenizas fueron enterradas en la tumba de su madre, en Queens, Nueva York. Su nombre no aparece en la lápida, marcada con la palabra Maxey.